تُهاجر طيور اللقالق في كل من شهري اغسطس وسبتمبر وذلك من أماكن تكاثرها في أوروبا متجة مباشرةً إلى الجنوب وافرقيا.[40] وتقضي شتائها في أفرقيا مروراً من كنيا و اوغاندا حتي السفانا اللتى تصل حتي جنوب أفريقيا.[50] حيث تتجمع في هذه المناطق علي شكل أسراب مكونه من آلاف الطيور.[20] وبعض منهم يستطيع أن يصل إلى غرب السودان و نيجيريا و تشاد ذاهباً بإتجاه الغرب مباشرةً.[51] وعند حلول الربيع تعود مرة أخري إلى سكناتها في الشمال وقد سجلت عودتهم مره ثانية في شهري فبراير وإبريل إلى كل من مصر والسودان.[52] وبعد رحلة تستمر حوالي 49 يوم تعود مره ثانية إلى أوروبا في نهاية شهرى مارس وإبريل.[40] أما عند مقارنة رحلة الخريف بالربيع نجد أن رحلة الخريف تستمر 26 يوما.وذلك ناتج عن قلة الطعام اللتى تتناولة وسرعة الرياح اللتى تأتى من خلفها فيزيد من معدل سرعة تحليقها خاصاً في الأماكن اللتى لاتتمكن فيها من الحصول على فريسة لها.[53] كما أن اللقالق عند هجرتها من أوروبا تتخذ طريقين آخرين غير طريق البحر الأبيض وذلك لتجنب المرور من على البحر مسافة كبيرة ولذلك إما أن تتخذ الطريق مباشراً من على نهر النيل مروراً بالصحراء الكبرى على ليفانت ومروراً بمضيق البسفور في تركيا او تسلك طريق الهجرة الغربي مروراً بمضيق جبل طارق.[54] حيث ان مسارات الهجرة تلك تجعلها تستخدم طاقة أقل بسبب وجود التيار الهوائي.[55][56] إلا أن طريق الهجرة الشرقى أهم بكثير من طريق الهجرة الغربي حيث يستخدمه 530 الف من طيور اللقلق سنويا، وتعتبر اللقالق ثانى أكثر الأنواع بعد الصقور كمستخدمى لهذا الطريق. حيث يستطيع كل من أسراب البجع الأبيض واللقالق والطيور الجارحة الأخري اللتى تهاجر أن تصل إلى ارتفاع 200كم.[57] وعلى الرغم من أن مسار الهجرة الشرقى ضعف مسافة الطريق الغربى إلا أن اللقالق تستطيع أن تصل في نفس الفترة في كلا الإتجاهين شتاءً.[58] تبدء اللقالق الصغيرة في الخروج إلى طريق الهجرة وذلك لأول مرة عن طريق الطيران بالوراثة متجهه مباشرةً إلى الشمال إلا أنها لن تستطيع تلافي التغيرات بسبب الأحوال الجوية مما يضطرها إلى الرجوع لثكناتها مرة ثانيه. على عكس الطيور البالغة اللتى تستطيع ان تحمي نفسها من طيار الرياح القوي وتتمكن من الوصول إلى ثكناتها الطبيعة. ولنفس الأسباب تهاجر جميع الطيور في فصل الربيع ثم بعد ذلك تعود إلى ثكناتها في نفس الوقت.[59] حيث لوحظ بأن صغار اللقالق اللتى تربت تحت الأسر في كالينينغراد تمكنت من الطيران من خلال فطرة الطيران الطبيعية الموجوده بها واللتى تنتج من التجارب بدون مساعدة من الطيور الكبيرة اللتى في البريه واللتى تستطيع ان توضح لها الطريق وتوفر لها الطعام.[60]